21世紀初頭。人類は月面入植を果たし、新たな宇宙時代に突入するはずだった。しかし西暦2087年、月面開発技術を軍事に転用した月入植者が、人型兵器「メタルアーマー」を開発し、月を植民地としてしか見ていない地球人類に宣戦布告したために全面戦争が勃発。一部の月入植者たちは「統一帝国ギガノス」を建国し独立宣言をした。一方、メタルアーマーの威力と、マスドライバー攻撃で瞬く間に窮地に立たされた地球連合軍は、劣勢を挽回するべくギガノスからの亡命科学者、ラング・プラートの手引きでギガノスの最新鋭メタルアーマー「ドラグナー」シリーズ３機の奪取に成功する。だが難民輸送船に偽装し、地球までドラグナーを運ぶ任務にあった宇宙船アイダホは、宇宙コロニー「アルカード」に寄航したところで攻撃に遭ってしまった。

戦火に巻き込まれたアルカードでは、アストロノーツアカデミーの学生、ケーン、ライト、タップの３人が、負傷しすでに虫の息だったギガノスのスパイからドラグナーの起動ディスクを渡されていた。ギガノスの攻撃に怒っていたケーンたちは、もぐりこんだアイダホの格納庫でドラグナーを発見すると後先考えずに搭乗。ディスクを手渡した人物がスパイであったことすら知らずにギガノス軍を追い払おうとした。しかしアルカードはギガノスのマスドライバー攻撃を受けて大破。まだ母がアルカード内にいたケーンは母を助けようとするが、爆発の煽りで近付けなくなってしまう。