ミン大尉にとっては仲間たちの仇が取れる絶好のチャンスだったのだが、ハイデルネッケンはそれを許さなかった。ギルガザムネの改修機には脳を休めるためのインターバルが設定されており、その時に時間稼ぎをさせるためだけにミンを利用しようと考えていたからだ。しかしハイデルネッケンの目論みはドラグナーチームに打ち砕かれ、ミン大尉は情けなくも助けを求める彼のためにドラグナー追撃を諦めざるを得なくなる。

一方、プラクティーズと合流し、隠遁生活を強いられていたマイヨもついに行動を開始していた。彼らはミン大尉とハイデルネッケン少佐を乗せて月に向かっていたギガノス輸送船を占拠。ミン大尉を利用し、逃亡を試みたハイデルネッケンを一度は見逃すものの、去り際に攻撃を加えるなど、あまりにも卑劣な手段を使ったため、ハイデルネッケンを猛追撃しその手で葬るのだった。

しかし思考コントロールシステムで連合軍艦隊を瞬く間に壊滅させた機動要塞の戦闘力はケーンたちでも戦慄するものがあり、一刻も早い対処が望まれた。そのため、プラート博士の立案した作戦に沿って太陽発電衛星の奪取作戦が開始される。

その一方でひとり思い悩むケーン。どうやら行方不明だった彼の母、アオイ・ワカバが機動要塞に捕らわれているらしく、ギガノスからの極秘通信でそのことを知らされ投降を要求されていたからだ。そしてライトやタップたちが太陽発電衛星を奪取し、機動要塞にぶつけようとしたまさにその時、ついにギガノスへの投降を決意してしまう！

太陽発電衛星が直撃したにも関らず機動要塞は健在、ケーンもギガノスに投降、２重の衝撃が連合軍に走る･･･

その頃、ギガノスに捕らわれたケーンは、手柄を立てるまでは母に会うこともできないと知らされ苦汁の決断をさせられていた。そしてドルチェノフを討つためにファルゲンで出撃したマイヨを迎撃せよと命じられ、不本意ながらD-1での出撃を余儀なくされる。

もはや敵はドルチェノフだけだと、ケーンとの対決を拒むマイヨ。しかしケーンには選択の余地がない。

その頃、機動要塞への電磁波攻撃を準備していたライトとタップは、その攻撃でマイヨとケーンが巻き添えになることを心配し、作戦の延期を願い出ていた。しかしそれが聞き入れられるはずもなく、ケーンとマイヨは電磁波攻撃に飲み込まれてしまうのだった。

その頃、満身創痍のファルゲンを回収したミン大尉とプラクティーズは、彼の無事を確認していた。そこでミンは、改めてマイヨの指揮下に入ることを宣言する。

一方、あくまでもケーンを信じ続けたいリンダ、ローズ、ベンは、やはりケーンを信じつつ出撃を余儀なくされたライトとタップにその想いを託していた。混戦状態の戦場でケーンを発見したライトとタップは、彼が投降して以来初めてケーンと対面する。

しかしライトとタップを前にしてもケーンは投降した本当の理由、その真意を語ることはなった。そしてドルチェノフの作戦通り囮役を全うすると、ギガノスの別動隊が太陽発電衛星を破壊したことを確認し、機動要塞へと戻って行ってしまった。終始ケーンの説得を試みていたライトとタップは、そんなケーンの後ろ姿を見送りながら、母親を取り戻したら戻って来いと必死な呼びかけをするしかなかった。

その頃、ドルチェノフに鉄槌を下すべく出撃したマイヨ、ミン大尉、プラクティーズも機動要塞に取り付いていた。侵入路の確保を命じられたプラクティーズは、無防備な外部ハッチを確認する。だがそれは罠だとミン大尉は主張。マイヨにプラクティーズを託されていたこともあり、罠であることを見せ付けるために単身切り込んだ。そこで自分の正しさを証明したミン大尉は、ようやくプラクティーズにも信頼される上官として認められる。

しかし先行して乗り込んだ要塞内では苦戦を強いられ、ちょっとした判断ミスからさらなる窮地に陥ってしまった。センサーが不能になった一同は、唯一センサーが生きていたダンのお陰で窮地を脱するものの、ダンはその犠牲となりマイヨの腕の中で果ててしまうのだった。

かつての仲間たちを目の前に、少しだけ攻撃を待って欲しいと涙声で訴えるケーン。それに対し、すでに彼を完全な裏切り者として認識していた上層部はケーンの排除を検討する。しかしケーンを信じていたベン軍曹たち元ドラグナー遊撃隊の面々は、彼の投降は母親が人質になっているのが原因だと説得し、アオイ・ワカバ救出作戦を承認させた。

機動要塞に侵入したベンとリンダはギガノス兵の抵抗に遭うものの、そこへ偶然現れたマイヨたちのお陰で難を逃れる。そして兄妹の僅かな再会を経てアオイの救出に成功したのだった。

そのことをライトとタップから知らされたケーンは、喜びでうち震えた。そしてこれまでの屈辱を晴らすべく、要塞内に殴りこんだ！

もはや部下たちにも見限られたドルチェノフは、ミン大尉から逃れるとダインに搭乗しマイヨのファルゲンに挑戦。ただひとり自分の悪行がバレたことを知らないドルチェノフは、SPが自分の命令に従わないことに苛立ちつつ、マイヨのファルゲンに対抗する。しかしメタルアーマーの技量の差に圧倒され、撤退したのだった。

リンダの願いで同行を許したケーンは、ベンとアオイをライトとタップに任せ、自らは要塞内に引き返した。そこでドルチェノフのギルガザムネと対決していたマイヨたちと合流。

ケーンとマイヨは力を合わせ、ドルチェノフに一矢報いることに成功する。

戦いは終わり、プラクティーズとミンを先に脱出させるマイヨ。後で脱出すると約束する彼だが、ギガノスなき後の世界に自分は必要ないと、実は密かに要塞と運命を共にしようと考えていた。しかしケーン、リンダ、そしてドラグーンで現れたプラート博士の説得で決意を改め、一同は無事に要塞からの脱出に成功する。

こうして、長く続いた戦争は終結したのだった。