戦火に巻き込まれたアルカードでは、アストロノーツアカデミーの学生、ケーン、ライト、タップの３人が、負傷しすでに虫の息だったギガノスのスパイからドラグナーの起動ディスクを渡されていた。ギガノスの攻撃に怒っていたケーンたちは、もぐりこんだアイダホの格納庫でドラグナーを発見すると後先考えずに搭乗。ディスクを手渡した人物がスパイであったことすら知らずにギガノス軍を追い払おうとした。しかしアルカードはギガノスのマスドライバー攻撃を受けて大破。まだ母がアルカード内にいたケーンは母を助けようとするが、爆発の煽りで近付けなくなってしまう。

ケーン、タップ、ライトの３人は、偽装難民船アイダホにドラグナー３機と共に収容されていた。そこでドラグナーの入手経路について軍人から厳しく尋問されていたライトとタップは、ようやく戻された個室で、意識を取り戻したケーンに戦闘終了後からの経緯を話し始める。母の安否を気遣うケーンは即座にブリッジへと出向き、そこでアルカードが完全に破壊されたことを知らされた。母を捜すため、アルカードのあった場所に戻ると言って聞かないケーン。ライトやタップと共に再び電子ロック付きの部屋に閉じ込められるものの、自力で脱出して勝手にドラグナーでアルカードへと向かってしまう。
アルカードに到着し、その無残な破壊跡を驚愕の眼差しで見つめるケーンたち。そこへギガノスのドラグナー追撃部隊が襲撃して来た！　不本意ながら戦闘状態に入った３人は、互いをフォローすることでどうにか追っ手を撃退する。結局収穫を得られずにアイダホに戻ってみると、３人はドラグナーのパイロット登録が解除できないことを理由に三等空士として徴兵されてしまうのだった。

ケーンたちは不本意ながら徴兵されるが、グチを言う暇もなく、彼らの教育係に任じられたベン軍曹が現れて早くも訓練が開始される。
その頃、ドラグナー追撃部隊に新たな刺客が合流していた。その「ギガノスの蒼き鷹」と呼ばれる親衛隊のエースパイロット、マイヨ・プラートは、着艦したクラビウスで彼の直属の部下となる若きエリート「プラクティーズ」のカール、ウェルナー、ダンに迎えられる。そして挨拶もそこそこに、早速周辺宙域の下調べに取り掛かった。
一方ケーンたちは、もう一人の教育係で、本来ドラグナーに搭乗するはずだったパイロット、ダグラスの授業を受けていた。だが軍人としてのしがらみさえ知らないケーンたちは、ダグラスの授業などそっちのけで口論を始める始末。しかも緘口令を敷かれていたにも関らず、リンダ・プラートたち難民に船が軍艦であることを教えてしまった。
そして行われたドラグナーの飛行訓練。その最中、ケーンたちは現れたプラクティーズと交戦状態に入ってしまう。功を焦り、マイヨの命令を無視してケーンたちを翻弄するプラクティーズ。援軍のお陰でどうにかプラクティーズとマイヨから逃れられるものの、ケーンたちは圧倒的な腕の違いに愕然とする。

ケーンたちは兵士の手当てに忙しいリンダのご機嫌を取ろうと躍起になっていた。しかしリンダは「スペースパイロットは嫌い」だと言うばかりで相手にしない。そんなケーンたちにパイロットスーツが支給された。大喜びの一同だが、ケーンだけは自慢のリーゼントをベン軍曹に切られてしまい半分凹みぎみ。視察にやって来たホイットマン司令官との対面でも、階級を気にもせずグチる始末だった。
お調子者のケーンたちは、訓練前にパイロットスーツ姿でリンダの前に現れて再アタックを試みた。その軍人らしくない振る舞いと、彼らの明るさに少しだけ心を開くリンダ。
相変わらず「軍人」というものを理解していなかったケーンたちは、妹へのプレゼントだという人形をケーンに託して出撃していったギニール少尉が、彼のピンチを救うために戦死したことを受け、強い虚脱感に襲われる。

地球へと急ぐアイダホの中では物資不足で難民たちが苦しんでいた。その実情をリンダたちから聞かされたケーンとタップは早速行動を開始する。軍人たちの目を盗み、倉庫への侵入を図るケーンとタップ。彼らは火災報知器を誤作動させ、その混乱に乗じて物資の持ち出しを成功させた。
その頃、ギガノスではプラートたちが着々とアイダホ攻撃作戦を進めていた。その動きを偵察任務に就いていたライトの報告で知ったアイダホは、護衛艦のパイロットたちとの共同攻撃任務をケーンとタップに命じる。そしてライトと合流させ、入れ違いで出撃したマイヨの乗艦クラビウスに攻撃を仕掛けた。一方、アイダホに奇襲をかけていたマイヨは、クラビウスがドラグナーの攻撃を受けていると知らされ慌てて引き返す。しかし一歩間に合わず、命令を無視し先走ったケーン、ライト、タップによって轟沈。爆発に巻き込まれたドラグナー３機は消息を断ってしまうのだった。

爆発に巻き込まれたケーン、タップ、ライトの３人は、宇宙空間を漂流した末に一基の宇宙ステーションを発見した。酸素の残りも少なく、ドラグナーのダメージも大きかったため、３人は進路をステーションに向けた直後に深い眠りに落ちてしまった。
気が付くと、３人はギガノスの兵士、チェホフの捕虜になっていた。ステーションにたどり着いたものの、眠っていたケーンたちはそのまま捕らわれてしまったのだった。ステーションにいたのは彼らを捕らえたチェホフのみ。彼はかつての上司に失敗の責任を押し付けられ、以来逃亡生活を強いられていたという。そして修理のために立ち寄ったこのステーションで、ドラグナーを捕獲したと言うのだ。
手柄を立てる事で原隊への復帰を考えていたチェホフは、ケーンたちに銃を向けてドラグナーの整備をさせる。そして隙を見て脱出を試みたケーンたちを、その経験の豊富さから翻弄し、戦術のイロハを説きながら裏をかいていくのだった。しかしケーンたちのしぶとさに根負けし、一時休戦を申し出る。

ケーンたちとチェホフは休戦のおかげで互いに親近感を覚えていた。だがそこへプラクティーズが現れて事態は一変する。
上官であるはずのチェホフをあからさまに見下し、ケーンたちの引き渡しを要求するプラクティーズ。その横柄な態度に反感を抱いたチェホフは、自身の手柄を主張して彼らの申し出を拒否。それが引き金となり、プラクティーズの凶弾に倒れてしまった。味方すら裏切るプラクティーズに怒り心頭のケーンたちは、チェホフに解放されると反撃を試みる。
亡きチェホフの教えを胸に、次々とプラクティーズを罠にかけるドラグナーチーム。プラクティーズが本気になった時には既に遅く、センサーを潰された彼らはケーンたちに翻弄された挙句、情けをかけられ解放される。
そしてチェホフに敬意を表したケーンたちは、彼を宇宙葬にするとギガノスに捕らわれているらしいアイダホの救出に向かうのだった。

アイダホを救うためにチェホフの輸送船でギガノスの中継基地へと向かうケーンたち。連合軍の高速艇に発見されたことを逆手に取り、混乱に乗じて中継基地に逃げ込むことに成功した。折りしも基地内では集会が行われており、所属不明の輸送艦がドックに入っていても誰も気にしない好都合な状況。ケーンとタップは監視役としてライトをD-3に残らせ、難民たちの救出に向かうことにする。
その頃、アイダホの乗員をひとりずつ検査していたマイヨは、難民の中にリンダを発見していた。彼女を自室に呼び込んだマイヨは密かに兄妹の再会を果たす。しかし妹を気遣うマイヨとは反対に、リンダは戦闘行為を続けるマイヨに敵意をむき出しにした。
その様子を部屋の外から目撃したケーンとタップは、マイヨに悟られないようリンダに合図を送り、別室に連行されようとしていた彼女と合流する。そして乗員が無事であること、強制収容所に連行されようとしていることを聞かされて行動を起こした。

騒ぎを起こしてアイダホ乗員の強制収容所送りを阻止したものの、難民の中に隠れていたケーンとタップは不審人物として捕らわれてしまった。ケーンがリンダのアクセサリーを持っていたことから、尋問に立ち会っていたマイヨはその間柄を兄として不快に感じる。
２人を尋問から解放したマイヨは、リンダを再び呼び出した。しかしリンダに銃を奪われた挙句、自室に閉じ込められてしまう。
リンダの奪った銃のおかげで脱出に成功するケーンたち。ベンに難民を任せると、自らはドラグナーへと向かい、ライトの偽情報ですべての戦力が出払った中継ステーションの破壊を開始した。それによりアイダホは無事に脱出し、中継基地はタップのCDプレイヤーで作った時限爆弾で爆破。ファルゲンで追撃にかかったマイヨはその爆発に巻き込まれて断念を余儀なくされる。そしてアイダホは全員無事に逃亡に成功したのだった。

アイダホを救助した英雄として難民たちからも称えられたケーンたちは、いよいよ自覚を持って戦闘訓練を受けたいと感じ始めていた。その一方で、戦火に巻き込まれた両親を心配するあまりローズが病床に倒れてしまうと、タップは彼女につききりの看病を始める。一緒に訓練をしようと言うケーンに対して、戦闘のしわ寄せが自分たちに来ることへの不満をブチまけるタップ。そこでケーンとライトは、ローズのことで心身不安定になっていたタップを気遣い、２人だけでダグラスの訓練を受けることにした。
そこへマイヨたちの攻撃部隊が接近してきた。タップを残し、出撃するケーンとライト。２人はダグラスのレクチャー通りキャバリアーを犠牲にする事でマイヨに一矢報いる。
その頃、ローズが意識を取り戻した事で平静を取り戻したタップも、アイダホに接近するギガノスの別働隊をたったひとりで迎撃しようと出撃していた。

眼前に地球を据え、いよいよアイダホに大気圏突入の瞬間が迫っていた。タップと、彼に合流したケーンたちがとりあえずギガノスの衛星軌道軍を退くものの、これからが正念場である。船体とタンクを分離しなければ大気圏への突入ができないが、人手が足りないこともあり、軍人たちは不本意ながら難民への協力を呼びかけた。最初は巻き込まれることに抵抗していた難民たちだったが、タイムリミットも迫っているとあり、リンダの立候補を皮切りに一丸となって作業を進めることにした。
大気圏突入まで迫るタイムリミット。それに対してギガノスも阻止攻撃を仕掛けてくる。難民たちが軍人と共に作業を進める中、ケーンたちは唯一の防衛線として反撃を試みた。そして最後まで手間取ったタンクの接合部分を破壊して強引に切り離し、半ば逃込むようにして大気圏に突入。ドラグナーもむき出しのままコンテナに取り付いて大西洋上に落下したのだった。

ケーンたちは連合軍の空母アクアポリスに回収された。アイダホの乗員も無事で、リンダやベンとも再会する。ヒーローとして歓迎される一方、もう戦闘はコリゴリだと申し出たケーンたちは、ベルンゲンの司令部に到着し次第パイロット登録が解除されると約束された。難民たちも司令部到着後は難民センターで保護されることになるのだが、一部の家族はそれを拒否。一刻も早く戦闘から遠ざかりたいと即時上陸を希望する。
ローズの従兄弟にあたるマーチン一家も上陸を希望する家族のひとつだった。彼らはオーレンスの港に降ろされると、ようやく目にした地球の大地、そして風景に深く感激する。しかしその感動を打ち消すように、ギガノスの攻撃部隊が現れた。
アクアポリスに残っていたケーンは、上陸したマーチン一家やリンダを守るために出撃。カタパルトを使い、一気に陸まで飛び上がった！　そして瞬く間にギガノス軍を撃退すると、立ち去るマーチンたちの新たな一歩を見送るのだった。

ベルンゲンの連合軍司令部に到着した。ケーンたちはパイロット登録が解除され、除隊できるとあって有頂天。ドラグナーが報道陣に公開されると、ヒーローパイロットとして大騒ぎする。そしてこのままリンダたちと別れるのは惜しいと、お別れの思い出にリンダ、ローズ、ダイアンと３対３の合コンパーティーを開くことにした。だがどこで間違ったのか、アイダホ乗員とのバーベキューパーティーとなってしまう。
やや趣旨はずれてしまったものの、苦楽を共にした軍人たちとのパーティーを楽しむケーンたち。艦長やソウル女史、ベン軍曹らと共にひとしきり騒いだ後は、彼らに持ち上げられてケーンが歌を披露することになる。ケーンの独唱にタップのハーモニカが加わり、そして一人、また一人と歌声を乗せていく。だが平穏な時間は突然の攻撃で中断させられてしまった。なんと、マスドライバー攻撃によって司令部は一瞬で壊滅、周辺地域まで巻き込む大惨事に発展してしまったのだ！